Theo quy định, mỗi thí sinh chọn làm bài thi hai trong số chín môn tự chọn gồm: Vật lí, Hóa học, Sinh học, Lịch sử, Địa lí, Giáo dục kinh tế và pháp luật, Tin học, Công nghệ và Ngoại ngữ (một trong các ngôn ngữ: Anh, Pháp, Đức, Nga, Nhật, Trung, Hàn).

Một trong những thay đổi đáng chú ý là việc tăng gấp đôi số lượng mã đề cho mỗi môn, từ 24 lên 48. Cách làm này vừa tăng cường tính bảo mật, vừa giúp đa dạng hóa đề thi, hạn chế tình trạng trùng lặp.
Để giảm áp lực và tiết kiệm thời gian cho thí sinh, các em được bố trí thi theo môn, không phải di chuyển giữa các phòng thi. Mỗi phòng thi tối đa 24 thí sinh, đảm bảo không gian và sự tập trung.
Với thí sinh học theo Chương trình Giáo dục phổ thông 2018, buổi thi bắt đầu từ 7h35 với môn tự chọn thứ nhất (thuộc tổ hợp Khoa học Tự nhiên hoặc Khoa học Xã hội), thời gian làm bài là 50 phút. Môn thứ hai bắt đầu lúc 8h40, cũng kéo dài 50 phút.

Thí sinh theo Chương trình Giáo dục phổ thông 2006 cũng thi cùng thời điểm, với hình thức và thời lượng tương tự. Đặc biệt, thí sinh chương trình 2018 sẽ dự thi 3 buổi tại cùng một phòng, tạo sự ổn định, giảm căng thẳng. Mỗi phòng thi có thể tổ chức tối đa 5 môn tự chọn khác nhau cùng lúc.
Đại diện Cục Quản lý chất lượng (Bộ GD&ĐT) cho biết, mặc dù việc tổ chức thi 2 môn tự chọn trong cùng buổi sáng có phần phức tạp hơn, nhưng mục tiêu cao nhất là đảm bảo sự thuận lợi, công bằng và công khai minh bạch cho thí sinh.
Theo thông tin, một môn thi có thể tổ chức ở cả hai ca tại các phòng thi khác nhau. Thí sinh thi ca 1 sẽ nhận mã đề từ 1–24, thí sinh ca 2 nhận mã đề từ 25–48. Điều này đòi hỏi phải cách ly nghiêm ngặt giữa hai ca để đảm bảo tuyệt đối công bằng và an toàn.

Bộ GD&ĐT cũng đã tính toán kỹ khoảng cách thời gian giữa hai môn thi nhằm đảm bảo quy trình phát đề không ảnh hưởng đến thời gian làm bài, đặc biệt tại các phòng có tới 5 môn thi khác nhau.
Buổi thi các môn tự chọn sáng nay chính là chặng cuối cùng của kỳ thi, đánh dấu sự kết thúc quá trình nỗ lực học tập và ôn luyện kéo dài của hàng triệu học sinh lớp 12 trên cả nước.